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系統識別號 U0026-1308201420585200
論文名稱(中文) 整合結構與文獻資訊之分子關係描述平台
論文名稱(英文) A platform for illustrating molecule relations by integrating literature and structural information
校院名稱 成功大學
系所名稱(中) 電機工程學系
系所名稱(英) Department of Electrical Engineering
學年度 102
學期 2
出版年 103
研究生(中文) 王浩
研究生(英文) Hao Wang
學號 n26001636
學位類別 碩士
語文別 中文
論文頁數 35頁
口試委員 指導教授-張天豪
口試委員-曾大千
口試委員-劉宗霖
口試委員-宋皇模
中文關鍵字 蛋白質  分子間交互作用  文獻探勘  生物實驗交互作用 
英文關鍵字 Protein  Protein interactions  Literature Mining  Interaction physics experiments 
學科別分類
中文摘要 蛋白質會以特定的結構來執行其生物功能,在細胞中扮演非常重要的角色。在細胞內經常見到兩個或兩個以上的蛋白質形成具活性的複合物,稱為分子機器(molecule machine),再與其他生物分子進行一系列的交互作用進而完成生物反應(biological process),例如啟動、抑制、磷酸化以及運送等等,有系統化地整合蛋白質生物反應對生物學家的研究有很大的幫助。
建立一個能夠方便且快速搜尋分子間在文獻與結構上的關係的資料庫對研究者來說非常重要,因此本研究資料庫整合其它已公開大型資料庫實驗性分子交互作用及文獻探勘找的分子交互作用資料,提供大量分子交互作用資料,並為了簡單明瞭地了解這些分子間複雜的關係,本研究提供操作方便的使用者介面平台,提供使用者輸入多個感興趣之分子,並能簡易快速查詢到相同蛋白質在不同資料庫記載之分子關係資料,最後經由3D互動性裝置Jmol工具來呈現分子存在之PDB結構,並顯示其分子結構資訊。
英文摘要 SUMMARY
Molecular interaction plays an important role in biological interaction. The interaction between different molecular is complex and needs a platform to represent these complex interaction systematically. This study integrates biological experiments, literature mining and molecular structure to contribute a web server to show the molecular interaction.
We from large databases BioGRID, IntAct and MINT database collect biological experiments to find the molecular relationships. Collect Text-mining to find the molecular relationship from IMID database, and using molecular name and interaction words find the sentence of molecular relationships described in PubMed database text. Collection PDB structure information from the PDB database.
To the solution in a complex relationship between biological molecules, this study proposes a platform for illustrating molecule relations by integrating literature and structural information. Help users to comparing biological experiment of different database, and find the sentence of relationship through literature describing. Our work is freely available on the web at http://merry.ee.ncku.edu.tw/~sky1512/moso/ with all major browsers supported.
This work the platform of illustrating molecule relations can bring users convenient, fast and simple molecular relationship of view of interest, according to biological experiments, literature mining and structural information aspects.
論文目次 目錄 1
圖目錄 3
表目錄 4
第 一 章 緒論 5
1.1生物分子間交互作用 5
1.2生物體內主要的分子 6
第 二 章 相關研究 10
2.1生物分子間交互作用研究 10
2.1.1從生物結構上找出交互作用之研究 10
2.1.2利用文獻探勘找出交互作用之研究 11
2.2 相關資料庫 12
2.2.1 蛋白質資料庫 12
2.2.2 小分子結構資料庫 13
2.2.3分子間交互作用資料庫 14
2.2.4文獻資料庫 15
第 三 章 資料蒐集與方法 16
3.1 交互作用資料蒐集 17
3.1.1生物實驗結果蒐集 17
3.1.2文獻探勘資料蒐集 18
3.2分子名稱映射 20
3.3結構資料蒐集 23
3.4 數據統計 24
第 四 章 網站使用介面 26
4.1使用者介面 26
4.1.1首頁 26
4.1.2搜尋結果頁 28
4.1.3 分子交互作用關係頁 29
第 五 章 結論與未來展望 33
5.1 結論 33
5.2 未來展望 33
參考文獻 34
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